常熟市环境保护局为常熟市人民政府主管全市环境保护的工作机构，正科级建制。

      常熟市环境保护局内设机构：办公室（人事科、财务科）、环境信息科、环境影响评价科（行政许可服务科）、污染防治科（污染物排放总量控制科）、生态科技科、法制宣教科。

    常熟市环境保护局直属单位：常熟市环境监察大队、常熟市环境监测站（挂“常熟市环境科学研究所”牌子）、常熟市核与辐射和固体废物管理中心。